个人信用数据库在运行过程中，非常重视保护个人隐私。在数据采集方面，中国人民银行征信中心通过合法渠道收集个人数据，明确数据采集范围，对与信用无关的个人隐私如疾病史、银行存款余额等并不采集，所以不会侵犯个人隐私。

在数据使用方面，对于已经采集入库的数据，中国人民银行采取授权查询、限定用途、保障安全、查询记录、违规处罚等措施保护个人隐私和个人信息安全，商业银行只能经当事人书面授权，在审核个人贷款、信用卡申请或审核是否接受个人作为担保人等个人信贷业务以及对已发放的个人贷款及信用卡进行信用风险跟踪管理时，才能查询个人信用数据库。

个人信用数据库还对查看个人信用报告的商业银行信贷人员（即数据库用户）进行管理，每一个用户在进入该数据库时都要登记注册，而且计算机系统还自动追踪和记录每一个用户对每一笔信用报告的查询操作，并加以记录。商业银行如果违反规定查询个人信用报告，或将查询结果用于规定范围之外的其他目的，将被责令改正，并处以经济处罚；涉嫌犯罪的，将被依法移交司法机关处理。